Le Conseil d'administration (CA) est l'organe principal de décision de l'établissement. Il définit les orientations stratégiques et la politique générale de l'OFB. Il est composé de 43 membres nommés par arrêté ministériel.
Le conseil d’administration comporte deux commissions spécialisées :
Le directeur général de l'OFB peut assister au Conseil d'administration et dispose d'une voix consultative. Le président du conseil scientifique, le président du comité d'orientation, le contrôleur budgétaire, l'agent comptable et toute personne dont le président juge la présence utile peuvent également y assister (Art. R. 131-28-1).

Présidente
Sylvie Gustave dit Duflo
Présidente du Comité de l’eau et de la biodiversité de Guadeloupe, Sylvie Gustave dit Duflo siège au sein du conseil d'administration de l'OFB en tant que vice-présidente de Régions de France et vice-présidente du conseil régional de Guadeloupe, elle est également présidente de la commission environnement de la région.

Sandrine Bélier
1ère vice-présidente
Juriste spécialisée en droit de l'environnement, auparavant députée européenne et membre de la commission nationale du débat public, Sandrine Bélier représente l'ONG Humanité et Biodiversité dont elle est directrice depuis 2016.

Hubert-Louis Vuitton
2ème vice-président
Ancien président du conseil d'administration de l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) et vice-président de la fédération nationale des chasseurs, Hubert-Louis Vuitton représente la fédération départementale des chasseurs du Loir-et-Cher et la fédération régionale des chasseurs de Centre-Val de Loire.

André Flajolet
3ème vice-président
Maire de la commune de Saint-Venant depuis 1989, André Flajolet a également été député de la 9e circonscription du Pas-de-Calais de 2002 à 2012. Il est aussi président du comité de bassin Artois-Picardie.

Présidente de la commission des finances et de l'audit
Régine Touffait

Présidente de la commission des interventions
Sandrine Rocard
En qualité des représentants de l'État

Célia de Lavergne
Ministère chargé de l'environnement, désignée en qualité de Commissaire du Gouvernement
Élodie Lematte
Ministère chargé de l'Agriculture
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Thomas Espeillac
Ministère chargé du Budget
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Myriam Habib
Ministère chargé de la Mer

Chantal Mauchet
Ministère chargé de l’Intérieur
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Vacant
Ministère chargé de la Recherche
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Delphine Colle
Ministère chargé de l'Outre-mer

Florence Jeanblanc-Risler
Terres Australes et Antarctiques Françaises
En qualité de représentants des établissements publics nationaux œuvrant dans le champ des compétences de l’établissement

Sandrine Rocard
Agence de l'eau Seine-Normandie

Régine Touffait
Office national des forêts

Nirmala Séon-Massin
Muséum national d'Histoire naturelle

Xavier Eudes
Parc national de la Vanoise
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Marion Cuif
Ifremer
En tant que personnalités qualifiées en raison de leur compétence dans le domaine de la protection de la biodiversité terrestre, marine ou de la ressource en eau et des milieux aquatiques

Patricia Ricard
Personnalité qualifiée
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Virginie Dumoulin
Personnalité qualifiée

Hamid Oumoussa
Personnalité qualifiée
En qualité de représentants d’organisations professionnelles agricoles et forestières

Hervé Lapie
Fédération nationale des syndicats d'exploitants agricoles
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Arnaud Delestre
Chambres d'agriculture

Alain de Kernier
Fédération des syndicats de forestiers privés (Fransylva)
En qualité de représentants des autres secteurs économiques concernés

Laurence Rouger de Grivel
Mouvement des entreprises de France

Olivier Le Nézet
Comité des pêches maritimes et des élevages marins
En qualité de représentants d'associations agréées de protection de l'environnement

Jean-David Abel
France Nature Environnement

Sandrine Bélier
Humanité et Biodiversité

Cédric Marteau
Ligue pour la protection des oiseaux
En qualité de représentants d'organismes gérant des espaces naturels
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Christophe Lépine
Fédération des Conservatoires d'espaces naturels
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Chantale Lombardet
Comité de gestion de la Zone Côtière Ouest de Nouvelle Calédonie
En qualité de représentants des instances cynégétiques et des instances de la pêche de loisir
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Constance Bouquet
Fédération nationale des chasseurs

Hubert-Louis Vuitton
Président de la Fédération départementale des chasseurs du Loir-et-Cher et de la Fédération régionale des chasseurs du Centre-Val de Loire
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Patrick Massenet
Fédération départementale des chasseurs de Meurthe-et-Moselle
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Jean-Paul Doron
Fédération nationale de la pêche en France
En qualité de représentants des comités de bassin

Patrick Lecante
Président du Comité eau et biodiversité de Guyane

Martial Saddier
Président du Comité de bassin Rhône-Méditerranée
En qualité de représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements

Sylvie Gustave dit Duflo
Vice-présidente de la région Guadeloupe

Marc Gaudet
Président du conseil départemental du Loiret

André Flajolet
Maire de Saint-Venant
En qualité de représentants élus du personnel de l'établissement
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Jérôme Cabelguen
Titulaire
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Isabelle Heba
Suppléante
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Vacant
Titulaire

Johan Gourvil
Suppléant
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Eric Gourdin
Titulaire
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Yamin Ridoux
Suppléante
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Vincent Vauclin
Titulaire
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Sylvain Michel
Suppléant
En qualité de parlementaires

Joseph Rivière
Titulaire

Marc Fesneau
Suppléant

Olga Givernet
Titulaire

Nicole Sanquer
Suppléante

Laurent Burgoa
Titulaire

Vanina Paoli-Gagin
Suppléante

Lana Tetuanui
Titulaire

Gilbert-Luc Devinaz
Suppléant

Olivier Thibault
Directeur général
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Benoît Dingremont
Contrôleur budgétaire
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Frédéric Devaux
Agent comptable
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Vacant
Président du Conseil scientifique
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Isabelle Autissier
Présidente du Comité d'orientation
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Philippe Gamen
Président de la Conférence des aires protégées