Les milieux aquatiques

Cours d’eau, plan d’eau, zones humides et marais, ces écosystèmes sont indispensables à la biodiversité pour se nourrir et se reproduire. Véritables réservoirs de biodiversité, les milieux aquatiques de surface ou souterrains participent à la continuité écologique. Les espèces peuvent y circuler librement entre leurs différents espaces de vie. Leur bonne santé est donc primordiale pour y favoriser toute vie, qu’elle soit végétale ou animale.

Le grand cycle de l'eau © Agence française pour la biodiversité / Réalisation Matthieu Nivesse (d'après OIEau), 2018

Sur terre, l’eau est présente sous différentes formes et circule en s’évaporant, avec les précipitations et le ruissellement.

Contrairement au milieu marin, les milieux aquatiques se caractérisent par la présence d’eau avec un faible taux de salinité. Cette eau douce, susceptible d’être propre à la consommation ne représente que 3 % de l'eau sur Terre :

Glaciers : 68,7 %
Eaux souterraines : 30,1 %
Eau gelée dans le sol : 0,8 %
Eau douce de surface : 0,4 %

Source : Gleick, P. H., Encyclopedia of Climate and Weather, 1996

En savoir plus sur le réseau hydrographique en France

Des milieux divers...

Les lacs et cours d'eau mais aussi les zones humides ou marais, les nappes souterraines constituent les écosystèmes aquatiques.
Ce sont des habitats où vivent des populations végétales et/ou animales, avec une qualité physico-chimique de l'eau déterminée (température, nutriments…).

Les cours d’eau : les fleuves, rivières et ruisseaux sont des écosystèmes dynamiques qui se transforment au gré des saisons. Selon leur forme, leur taille et leur secteur géographique, ils abritent des habitats naturels variés. Le cours d’eau est un maillon important de la continuité écologique. En débordant, il communique temporairement avec d'autres milieux environnants, ce qui connecte les habitats entre eux.

Les estuaires, lagunes et deltas : Ces milieux de transition offrent des conditions de vie spécifiques dues à la salinité et aux inondations régulières.
Grâce aux sédiments présents dans les fonds qui facilitent l’existence d’herbiers immergés, ces écosystèmes sont une ressource alimentaire pour de nombreuses espèces de poissons.

Les plans d’eau (lacs, étangs, mares) : Ces étendues d’eau douce sont plus ou moins profondes, naturelles ou artificielles. L’eau contenue s’écoule lentement, pour rejoindre d’autres milieux aquatiques plus en aval.
Ces écosystèmes dits lacustres sont présents sur l’ensemble du territoire.

Les eaux souterraines : Il s’agit de l’ensemble des réserves d’eau qui se trouvent dans le sous-sol. L’eau est stockée dans des zones appelées aquifères, composées de roches poreuses et/ou fissurées. L’eau peut s’accumuler dans ces espaces vides pour former des nappes, qui occupent tout ou partie de l’aquifère.
La profondeur des nappes est variable : les plus profondes peuvent se trouver à plusieurs centaines de mètres sous la surface. Les nappes phréatiques sont celles qui se trouvent près de la surface.

Les zones humides et marais : Définis par le code de l’environnement et la jurisprudence peuvent être recouverts d’eau de manière temporaire et sont des réservoirs de biodiversité.
Marécages, bras morts des fleuves et des rivières, forêts alluviales, prés salés ou mangroves, les zones humides sont nombreuses.

Sargasses et laitues de mer (Ulva lactuca) des lagunes méditerranéennes avec goélands leucophées (Larus michahellis) en arrière plan. Crédits : Yannick Gouguenheim / Office français de la biodiversité.

… et riches en biodiversité

Les milieux aquatiques sont des milieux de vie pour de nombreuses espèces aquatiques, animales ou végétales. Certaines y effectuent l’intégralité de leur cycle de vie quand d’autres y viennent seulement pour s’y reproduire.

Berges à la ripisylve naturelle sur l'Auxances dans la Vienne. Crédits : Michel Bramard / Office français de la biodiversité

Plusieurs types de végétaux poussent à proximité et au fond des étendues d’eau douce. Certaines plantes, comme le cresson de ruisseau, vivent entièrement dans l’eau. Ce sont les hydrophytes.
Les hélophytes, comme les roseaux, sont semi-aquatiques, leurs feuilles sont en partie émergées. Ces espèces se développent dans le lit du cours d'eau ou sur les berges. Sur les bords de l’eau, on trouve la ripisylve, généralement représentée par des arbres ou arbustes.

En outre-mer, les mangroves, forêts tropicales constituées de palétuviers, sont des arbres capables de se développer sur un sol constamment gorgé d’eau et salé, grâce à leurs racines aériennes.

Dans l’eau, certains poissons comme le brochet, passent leur vie dans ce milieu, alors que les migrateurs amphihalins comme le saumon. se reproduisent dans les cours d’eau puis rejoignent la mer pour continuer leur croissance.

Sangsues et écrevisses sont des invertébrés très répandus de ces écosystèmes, mais on peut aussi y trouver des reptiles, comme la couleuvre à collier.

Les mammifères sont également très présents. Il n’est pas rare de pouvoir observer des Castors ou des Loutres d’Europe dans les cours d’eau français mais également des phoques dans l’estuaire de la Somme.

Les oiseaux affectionnent les abords des milieux aquatiques pour nicher ou hiverner. Le flamant rose, par exemple, ne se reproduit que dans le delta du Rhône.

Les bactéries et autres champignons sont aussi présents : s’ils flottent ils sont planctoniques, s’ils sont fixés il s’agit d'organismes benthiques. Malgré leur petite taille, toutes ces espèces jouent un rôle dans la chaîne alimentaire du cours d'eau.

Voir la liste des espèces aquatiques protégées

Les menaces sur les milieux aquatiques

Pollutions, réchauffement climatique, urbanisation… de nombreuses menaces pèsent sur le bon état des milieux aquatiques. Par exemple, la présence d'infrastructures sur les cours d’eaux (ponts, digues, barrages,...) empêche la libre circulation des espèces aquatiques et leur accès aux zones indispensables à leur reproduction, leur croissance, leur alimentation ou leur abri. Le transport naturel des sédiments, primordial pour la santé des cours d’eau, est également impacté. On parle alors de rupture de la continuité écologique.

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La directive cadre sur l'eau

Adoptée en octobre 2000, la directive cadre sur l’eau (DCE) est le texte majeur de la politique de l’eau dans l’Union européenne. Elle engage chaque État membre dans un objectif de protection et de reconquête de la qualité des eaux et des milieux aquatiques. Elle vise notamment la non-détérioration des ressources en eau et des milieux, la réduction ou la suppression des rejets de substances dangereuses, et le respect des objectifs des zones protégées.

La DCE fixe des obligations :

de résultats (en fixant des objectifs environnementaux),
de méthodes (approche intégrée, prise en compte de considérations socio-économiques et environnementales, participation du public)
de calendrier.

En février 2022, une synthèse des états des lieux des bassins, basée sur les données de 2019, a été publiée. Cette publication indique qu'en 2019, 43,1 % des 11 407 masses d’eau de surface (toutes catégories d’eau confondues) sont au moins en bon état écologique et 44,7 % de ces masses d’eau sont en bon état chimique.

Consultez la synthèse

L’OFB, acteur de la protection de la biodiversité aquatique

Les cours d’eau, plan d’eau et zones humides abritent un grand nombre d’espèces d’algues, plantes, insectes, poissons, amphibiens, mammifères… et répondent aux besoins essentiels d’autres espèces comme les oiseaux migrateurs ou les chauves-souris, par exemple. Maintenir cette biodiversité et les services écologiques associés est indispensable.

L’OFB œuvre activement pour préserver ces milieux et les espèces qui y vivent, ou en dépendent. Il apporte son appui à l’ensemble des gestionnaires d’espaces naturels à travers, entre autres, le centre de ressources Cours d’eau et le centre de ressources Milieux humides qui visent à promouvoir les bonnes pratiques en matière de restauration.

Les agents de l'OFB participent également à l’acquisition de connaissances (suivi d’espèces patrimoniales dont les poissons migrateurs, suivi des espèces exotiques envahissantes, etc.), à la mise en œuvre de programmes de recherche et de surveillance (révisions taxonomiques, développement sur les passes à poissons, développement de l’ADN environnemental, etc.), ainsi qu'à la gestion et l’évaluation de l’état du milieu aquatique, des espèces aquatiques et des pressions qu’ils subissent.

Depuis le 1^er janvier 2023, les activités des laboratoires d’hydrobiologie ont été transférées à l’Office français de la biodiversité (OFB). Parmi les missions des laboratoires, qui sont agréés par le Ministère en charge de l’environnement, figure notamment l’évaluation de l’état écologique des eaux, en application de la Directive Cadre Européenne sur l’eau (DCE).

L’OFB assure notamment une surveillance du peuplement des poissons des cours d’eau et des plans d’eau dans le cadre de la directive cadre sur l’eau. Cette surveillance s’appuie sur un réseau de plus de 1500 stations pérennes réparties sur l’ensemble du territoire métropolitain.
Sur le terrain, les inspecteurs de l'environnement de l'OFB veillent également au respect de la législation. Les unités spécialisées migrateurs mènent tout particulièrement des opérations de contrôle contre le braconnage et les circuits illicites de commercialisation des poissons migrateurs telles que les civelles.
Enfin, l'établissement contribue à la définition et à la mise en œuvre des politiques publiques et notamment des directives européennes mais aussi des lois et stratégies nationales (plan national d’action Apron du Rhône, etc.).

Les chiffres clés de l'observatoire national de la biodiversité (ONB)

L’observatoire national de la biodiversité développe des indicateurs pour suivre l’état et l’évolution de la biodiversité en France, les grandes pressions qui s’exercent sur elles et les réponses apportées par la société.

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