Pour caractériser, suivre et évaluer les écosystèmes, les approches par type de milieux s'appuient sur des méthodes ou outils spécifiques, afin d'étudier et suivre la biodiversité de manière générale à l’échelle du milieu. Elles portent souvent sur les interactions entre espèces, voire entre milieux, sur les habitats ou sur les fonctions écologiques. Les approches sont adaptées aux particularités des grands types d’écosystèmes (terrestres, aquatiques continentaux et marins/littoraux) regroupant eux-mêmes des milieux variés.
- Les écosystèmes terrestres incluent forêts, prairies, landes, sols ou habitats souterrains, souvent fragmentés et menacés par nos activités et l’urbanisation.
- Les écosystèmes aquatiques comprennent rivières, lacs, tourbières, mares ou prés salés, et jouent un rôle central dans le cycle de l’eau et la vie des organismes.
- Les écosystèmes marins et littoraux, tels que les estuaires, mangroves, récifs coralliens ou forêts sous-marines, abritent une grande diversité d’espèces et subissent également des pressions importantes liées aux activités humaines.
Identifier les habitats : la typologie Eunis (European Nature Information System)
Le guide de détermination des habitats terrestres et marins de la typologie Eunis constitue un outil clé renforçant la rigueur et la reproductibilité des inventaires, cartographies et suivis écologiques.
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Guide de détermination des habitats terrestres et marins de la typologie Eunis
La typologie Eunis est une classification des habitats naturels, semi-naturels et anthropiques des secteurs terrestres et marins d'Europe, utilisable dans tout l'Hexagone. Cet outil accompagne l'écologue généraliste dans ses identifications de terrain.
Milieux terrestres
L’Office français de la biodiversité (OFB) développe des méthodes et ressources par type de milieu, comme les sols, les prairies ou les haies, pour préserver et valoriser les milieux terrestres.
Surveiller la qualité des milieux aquatiques
La surveillance des milieux aquatiques repose sur le suivi chimique et écologique de l’eau, conforme à la directive cadre sur l’Eau (DCE), et sur le contrôle des contaminants chimiques, avec des méthodes spécifiques aux écosystèmes aquatiques continentaux, validées et adaptées aux évolutions scientifiques.
Évaluer la qualité des milieux aquatiques
Pour répondre aux exigences de la DCE, des méthodes de bioindication aquatique ont été développées pour évaluer l’état écologique des eaux de surface, y compris les milieux aquatiques d’outre-mer et les estuaires. Ces méthodes reposent sur l’analyse de communautés biologiques spécifiques (algues microscopiques, macrophytes, invertébrés benthiques et poissons) et utilisent des métriques telles que la diversité, l’abondance ou la structure des populations pour comparer les milieux aux conditions de référence. La DCE fixe des objectifs de bon état ou de bon potentiel pour les masses d’eau, tout en visant leur non-dégradation.
Des critères spécifiques ont été définis pour les eaux de transition, et des études nationales sur les estuaires de la façade Manche/Atlantique sont conduites par l’OFB et ses partenaires.
Le suivi hydromorphologique des milieux aquatiques
Il repose sur différentes méthodes adaptées aux objectifs et à l’échelle d’intervention.
- Suivi scientifique minimal (SSM) : un suivi avant/après des opérations de restauration hydromorphologique
- Protocole Carhyce, pour l'évaluation des tronçons de cours d’eau
- La méthode Informations sur la continuité écologique (ICE), pour diagnostiquer la franchissabilité des ouvrages transversaux
- Syrah-ce, évaluer les risques d’altération à plus grande échelle
- Approche par bioindication : pour compléter ces suivis en fournissant un diagnostic basé sur les espèces présentes
Milieux marins et littoraux
Outre les différents éléments liés aux estuaires présents parmi les outils et méthodes liés à la DCE ci-dessus, les eaux marines et littorales sont également soumises à la directive cadre dédiée.
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La directive cadre stratégie pour le milieu marin (DCSMM)
Adoptée en 2008, la DCSMM conduit les États membres de l'Union européenne à prendre les mesures nécessaires pour atteindre ou maintenir un bon état écologique du milieu marin. Le bon état est établi sur les plans biologique, physique, chimique et sanitaire afin de garantir les fonctionnalités écosystémiques et le maintien des usages dans une logique de gestion durable du milieu.