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La région est marquée par un taux d’urbanisation important qui concerne 12% de la surface, soit le double de la moyenne nationale, en particulier dans la zone lilloise et la façade littorale entre Boulogne et Dunkerque.
Par ailleurs, 60% de sa surface est consacrée aux grandes cultures. La nature doit faire face à de multiples pressions : dégradation ou imperméabilisation des sols, fragmentation des milieux qui empêche la circulation des espèces, atteintes au bocage et aux zones humides, pollutions des eaux continentales ou maritimes, consommation de la ressource en eau (irrigation, plans d’eau, canaux), exploitation des espèces piscicoles...