Cette mosaïque de milieux naturels abrite de nombreuses espèces telles l’ours, le vautour fauve, le gypaète barbu, l’outarde canepetière, le vison d’Europe, le grand tétras, le saumon, le castor ou la loutre. La récente arrivée du loup dans les Pyrénées-Atlantiques suscite une importante mobilisation de l’OFB, lequel apporte aussi son expertise à l’État dans les démarches préventives qu’il a engagée avec les éleveurs.
Les espèces envahissantes, les espèces soumises à trafic et à braconnage comme la civelle ou le grand gibier sont également au cœur des suivis de la direction régionale au même titre que la sécurité à la chasse, qui demeure une activité très populaire.
En mer, la région abrite des écosystèmes diversifiés protégés notamment par les deux parcs naturels marins. La façade Atlantique concentre la majorité des habitats côtiers d’intérêt européen tels les récifs d’hermelles, les vasières des prés salés, les herbiers de zostères et des nourriceries de poissons plats directement liés à la proximité de la Gironde et de l’Adour.
Plus au large, on trouve le plateau de Rochebonne ou le canyon « gouf de Capbreton ». Ce milieu riche est le lieu de vie ou de halte migratoire pour de nombreuses espèces d’oiseaux et de mammifères marins, de requins, de poissons amphihalins et de tortues.
Avec ses 5,9 millions d’habitants répartis sur un fort tissu urbain, son dynamisme économique et son attractivité touristique, la Nouvelle-Aquitaine subit une perte accélérée de biodiversité (artificialisation des sols, espèces invasives, exploitation des ressources, etc.), la multiplication des risques sanitaires environnementaux et le changement climatique