A l’intérieur des terres, en dehors des zones boisées, les milieux oligotrophes (tourbières aux eaux acides) sont légions et présentent quelques remarquables orchidées intéressantes comme la calapogon tubéreuse (Calopogon tuberosus) et l’arethuse bulbeuse (Arethusa bulbosa). Mais à l’image de beaucoup de petits territoires insulaires, les îles Saint-Pierre et Miquelon qui abritent une grande diversité d’espèces et de milieux sont soumis à de fortes pressions anthropiques qui menacent sa biodiversité.
Malgré une population plutôt stable, la ville de Saint-Pierre s’est étendue vers les espaces boisées de Savoyard. Sur l’île Langlade, les abords des routes font face à l’installation grandissante de zones d’installations de véhicules de camping. Comme d’autres territoires des outre-mer, les enjeux liés à la gestion de l’eau et des déchets sont considérables. A Saint-Pierre-et-Miquelon, le réseau d’assainissement des eaux usées mis en place à la fin des années 1990 dysfonctionne régulièrement. La station d’épuration des eaux usées ne fonctionne pas et les eaux usées se jettent dans la rade de Saint-Pierre et parfois à l’intérieur des terres dans les habitats d’eaux douces. Cette problématique de rejet qui provoque des pollutions du milieu, est enjeu fort sur lequel le service territorial s’implique.