La commune de La Celle est située sur le haut du coteau nord de la vallée du Cher et qui marque la transition entre la Champagne berrichonne, vaste zone d’openfields, et le Boischaut sud, région d’élevage et de bocage. Les milieux naturels qu’on y trouve sont donc très contrastés entre le nord et le sud de la commune, le bourg de La Celle et la
route départementale constituant la ligne de transition.
Au sud, la pente de la cuesta est couverte par le Bois de Meillant, et marque fortement la moitié sud de la commune, uniformément constituée par une vaste chênaie-charmaie mâture. D’autres petits boisements émaillent le nord de la commune. L’ensemble des espaces boisés de la commune représente 48 % du territoire communal.
Au nord, la commune est marquée par son paysage bocager, maillé de prairies à l’ouest et devenant plus lâche puis cédant la place à de plus vastes parcelles de grandes cultures à l’est. Les grandes cultures dominent, représentant 35 % de la commune. Les prairies elles, concernent moins de 8% du territoire communal.
La commune est peu marquée par les cours d’eau, sa frontière nord est constituée par le ruisseau de l’Hyvernin, affluent du Cher. Le nord-est de la commune est une tête de bassin versant dégradée, la zone de source est aujourd’hui constituée de deux étangs, et le cours du ruisseau est recadré sur l’ensemble de son parcours, jusqu’à sa confluence avec le Cher.
La commune possède une belle surface de landes, de près de 40 hectares cumulées, issues notamment de l’abandon de prairies humides, ou d’anciennes zones d’extraction de pierre. Ce sont majoritairement dans ces zones de délaissés, en contexte humide, que l’on rencontre la biodiversité la plus riche.
Cette richesse en biodiversité a été mise en lumière par trois Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique Floristique et Faunistique (ZNIEFF) : la prairie humide de la Genévrière Pluzaine, les prairies humides de la Fontaine Saint-Clair, et le Bois de Meillant.
