Parmi les principaux enjeux qui concourent tous à la préservation de la Trame Verte et Bleue, on retrouve la préservation de l'espace forestier (la forêt de Montargis), la qualité
des cours d'eau (le Loing, le Puiseaux, et leurs affluents) et celle de l'air (dispositif LIG'AIR). Trois ENS sont déjà engagés : la prairie du Puiseaux et du Vernisson à Villemandeur, les Savoies et Népruns à Amilly, le Grand Rozeau et les Prés Blonds à Châlette/Loing. Un quatrième est en cours aux étangs de Cepoy (2025) ! En termes d'urbanisme, l'AME révisera son PLUiHD pour intégrer la limitation de l’artificialisation des espaces naturels et agricoles entre 2024 et 2026.