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Les étiages (périodes de faibles débits) vont beaucoup s’accentuer. Les débits pourraient avoir baissé de 50 à 60 % à la fin du siècle. Cela signifie moins d’eau pour les plantes, les animaux sauvages... et les humains (eau potable, agriculture...).
La baisse du débit et la remontée du niveau de l’océan vont rendre la Loire aval de plus en plus salée. Le bouchon vaseux sera de plus en plus présent à Nantes, compliquant l’alimentation en eau potable. On craint une diminution des surfaces de vasières, et donc de leur richesse écologique.