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L'ADN environnemental

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Milieu aquatique

L’Office français de la biodiversité (OFB) développe la connaissance de la biodiversité aquatique à partir d’une technique innovante, « l’ADN environnemental ». Cette nouvelle approche de surveillance des milieux naturels permet de recenser, à partir des traces d’ADN présentes dans un échantillon d’eau, les espèces présentes dans les milieux aquatiques.

Le principe se fonde sur le fait que tout être vivant laisse des traces d’ADN (écaille, mucus, etc.) dans le milieu naturel. En prélevant un peu du milieu naturel, des fragments d’ADN des êtres vivants sont également récupérés.

Après l’analyse de ces prélèvements en laboratoire, il est possible d’identifier les différents êtres vivants qui vivent ou ont traversé ce milieu naturel, y compris des espèces rares. Ces analyses consistent à amplifier les fragments de « codes-barres d’ADN » de les séquencer et, par traitement bio-informatique, de les comparer à des bases de références d’espèces.

Cette nouvelle technique est testée depuis une dizaine d’années dans différents milieux.

La Direction de la Surveillance, de l’Évaluation et de la Donnée (DSUED) et les direction régionales (DR) de l’OFB ont contribué au financement, aux tests in situ, aux expertises des résultats et à la fourniture d’échantillons de poissons pour constituer les bases de références de poissons en France.

La campagne menée actuellement vise à mettre au point une méthode de prélèvements dans les grands cours d’eau, afin de détecter les espèces rares ou émergentes et notamment les espèces exotiques envahissantes. Ces espèces, introduites volontairement ou non par l’Homme, peuvent induire des déséquilibres écologiques et constituent l’un des facteurs d’érosion de la biodiversité.

Pour mettre au point la stratégie de détection précoce de nouvelles espèces, l’OFB va s’appuyer sur cette nouvelle technique en complément des réseaux de pêche électrique. Un nouveau protocole d’échantillonnage a été mis au point avec le laboratoire SPYGEN.
Des agents de la DR de Bretagne participent au test de ce protocole en collaboration avec la Direction Recherche et Appui Scientifique (DRAS) et les DR d’Auvergne-Rhône-Alpes, de Nouvelle-Aquitaine, de Normandie et des Hauts-de-France.

A l’aide du « spyboat », un drone aquatique, ils ont prélevé des échantillons par filtration de 30 l d’eau sur une membrane. Ces échantillons ont ensuite été envoyés au Laboratoire SPYGEN pour vérifier si l’ADN environnemental prélevé coïncide avec de l’ADN des espèces de poissons déjà référencés, et ainsi de déterminer les espèces présentes. Ce protocole est toujours en cours de calibrage.

S’il se révèle efficace, il sera possible de déterminer la composition des communautés de poissons mais aussi de bivalves et ainsi mettre en évidence la présence éventuelle d’espèces exotiques envahissantes.

En savoir plus sur cette technique

L’Office français de la biodiversité a pour mission de participer à l’amélioration de la connaissance de l’état de santé des écosystèmes et des espèces qui y vivent. Ces résultats sur l’ADN environnemental sont complémentaires des données issues des missions de connaissance plus traditionnelles.