Face à la dégradation de l’état de la biodiversité, la Commission européenne adopte en 1992 la directive Habitats-faune-flore (DHFF) et en 2009 la directive Oiseaux (DO). Ces textes visent à assurer la protection et la gestion des habitats naturels et des espèces d’intérêt communautaire, dans le respect des exigences économiques, sociales et culturelles.

Ces directives contribuent au maintien de la biodiversité en définissant un cadre commun pour la conservation de ces milieux, terrestres ou aquatiques, et de ces espèces. 
Cela impose notamment aux États membres de désigner des zones spéciales de conservation.

Évaluer et rapporter l'état de conservation des habitats et espèces

Pour mesurer l’atteinte des objectifs fixés, l’article 17 prévoit que les États membres réalisent et transmettent, tous les 6 ans, une évaluation de l’état de conservation des espèces et habitats visés par cette directive. Cette évaluation ne concerne que la France métropolitaine, la DHFF ne touchant pas les régions biogéographiques d’outre-mer.

Dans le cadre de ce rapportage, des données sont collectées régulièrement, et ce par différents partenaires. L’Office français de la biodiversité (OFB) est chargé de l’évaluation de l’état de conservation des espèces aquatiques d’eau douce, soit 24 espèces d’intérêt communautaire identifiées pour le rapportage 2013 : 18 poissons osseux, 3 lamproies et 3 écrevisses.

Les modalités de réalisation des évaluations en France

Le ministère en charge de l'écologie confie le pilotage méthodologique la coordination de l'expertise du rapportage de l’évaluation de l’état de conservation des espèces et habitats d’intérêt communautaire au Muséum national d’histoire naturelle (MNHN).

Cette évaluation est menée en partenariat avec de nombreuses structures et fait appel à un très grand nombre de personnes qualifiées, scientifiques et gestionnaires d’espaces naturels : conservatoires botaniques nationaux, Office français de la biodiversité (OFB), Office national des forêts (ONF), associations naturalistes, etc.

Accès aux rapportages communautaires

Les éléments méthodologiques, les rapportages complets et les bases de données de l’évaluation de l’état de conservation de la faune, de la flore et des habitats d’intérêt communautaire présents sur le territoire français au titre de l’article 17 de la DHFF sont en libre accès sur le site de l’Inventaire national du patrimoine naturel (INPN).
Le dernier rapportage date de 2019, le premier de 2007 (période 2001-2006), puis le 2e en 2013 (période 2007-2012).

En réponse : le réseau de sites Natura 2000, pour allier conservation et enjeux locaux