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Milieux aquatiques continentaux
Cours d’eau, plan d’eau, zones humides et marais, ces écosystèmes sont indispensables à la biodiversité pour se nourrir et se reproduire. Véritables réservoirs de biodiversité, les milieux aquatiques de surface ou souterrains participent à la continuité écologique. Les espèces peuvent y circuler librement entre leurs différents espaces de vie. Leur bonne santé est donc primordiale pour y favoriser toute vie, qu’elle soit végétale ou animale. C’est la mission à laquelle veille l’Office français de la biodiversité…
Quels sont ces milieux et pourquoi sont-ils importants ?
Les lacs et cours d'eau, mais aussi les zones humides ou marais, les nappes souterraines constituent les écosystèmes aquatiques. Ce sont des habitats où vivent des populations végétales et/ou animales, avec une qualité physico-chimique de l'eau déterminée (température, nutriments…).
Ces milieux sont reliés entre eux à l’échelle du bassin versant, c’est-à-dire le territoire qui collecte toutes les eaux de pluie et de ruissellement pour les diriger vers un même cours d’eau, un lac ou la mer. Protéger un écosystème aquatique, c’est donc aussi agir sur l’ensemble de son bassin versant.
On distingue deux grandes catégories d’habitats aquatiques :
Les habitats naturels : cours d’eau (fleuves, rivières, ruisseaux), estuaires, lagunes, deltas, plans d’eau naturels (lacs, mares, étangs), nappes souterraines, zones humides (tourbières, marécages, bras morts…).
Les habitats artificiels : créés ou modifiés par l’homme, comme les canaux, barrages, retenues d’eau ou plans d’eau artificiels, qui accueillent, eux aussi, une biodiversité parfois spécifique.
Fleuves, rivières et ruisseaux sont des écosystèmes dynamiques qui évoluent au gré des saisons. Selon leur forme, leur taille et leur secteur géographique, ils abritent des habitats naturels variés. Le cours d’eau est un maillon important de la continuité écologique.
Ces zones de transition, soumises à la salinité et aux inondations régulières, offrent des conditions de vie uniques. Grâce aux sédiments présents dans les fonds qui facilitent l’existence d’herbiers immergés, ces écosystèmes sont une ressource alimentaire pour de nombreuses espèces de poissons.
Qu’ils soient naturels ou artificiels, les lacs, mares et étangs stockent de l’eau douce qui s’écoule lentement vers l’aval. Ces milieux jouent un rôle écologique important, mais ils fournissent aussi de nombreux services pour l’homme : ressources alimentaires (poissons), eau potable, qualité de vie des riverains et activités de tourisme et de loisirs.
Il s’agit de l’ensemble des réserves d’eau contenues dans le sous-sol. Stockée dans des roches poreuses ou fissurées appelées aquifères, l’eau forme des nappes dont la profondeur varie : certaines peuvent se trouver à plusieurs centaines de mètres sous la surface. Les nappes phréatiques, proches de la surface, alimentent les sources, les cours d’eau, ainsi que les forages et puits. Ces eaux souterraines représentent près des deux tiers de la consommation d’eau potable et plus du tiers des besoins agricoles en France.
Définies par le Code de l’environnement, les zones humides regroupent tourbières, marécages, forêts alluviales, prés salés, bras morts des fleuves et des rivières ou mangroves.Marécages, tourbières, bras morts des fleuves et des rivières, forêts alluviales, prés salés, mangroves ou zones d’inondation... Ce sont de véritables réservoirs de biodiversité. Elles assurent aussi des services essentiels : stockage de l’eau, filtration naturelle, atténuation des crues et régulation du climat.
Réserve naturelle nationale de l'île de Rhinau dans le Rhin. Crédit photo : Philippe Massit / Office français de la biodiversité
L’eau douce dans le grand cycle de l’eau
Sur terre, l’eau est présente sous différentes formes et circule en s’évaporant, avec les précipitations et le ruissellement.
Contrairement au milieu marin, les milieux aquatiques se caractérisent par la présence d’eau avec un faible taux de salinité. Cette eau douce, susceptible d’être propre à la consommation, ne représente que 3 % de l'eau sur Terre.
Le grand cycle de l'eau Crédit : Office français de la biodiversité / Réalisation Matthieu Nivesse (d'après OIEau), 2018
L’image illustre le cycle de l’eau. L’eau s’évapore depuis la mer et les surfaces d’eau douce sous l’effet du soleil, puis la vapeur d’eau se condense dans l’atmosphère pour former des nuages. Ces nuages se déplacent (transport) avant de provoquer des précipitations sur les reliefs. L’eau de pluie s’écoule en surface (ruissellement) vers les plans d’eau, les milieux humides, les cours d’eau, les estuaires et les lagunes, avant de rejoindre les eaux côtières et la mer. Une partie de cette eau s’infiltre dans le sol pour alimenter les eaux souterraines, qui circulent ensuite en profondeur (écoulement souterrain) avant de ressortir vers les milieux aquatiques de surface. Ce cycle continu relie ainsi les précipitations, les eaux de surface, les eaux souterraines et les océans dans un mouvement permanent entre terre, air et mer.
Des milieux aquatiques riches en biodiversité
Les milieux aquatiques sont des milieux de vie pour de nombreuses espèces aquatiques, animales ou végétales. Certaines y effectuent l’intégralité de leur cycle de vie quand d’autres y viennent seulement pour s’y reproduire. Ces milieux jouent aussi le rôle de zones de transition entre la terre et l’eau, favorisant les échanges d’espèces et de matière. Ils remplissent ainsi de nombreuses fonctions écologiques, comme l’épuration naturelle de l’eau, la régulation des crues ou encore l’accueil d’une biodiversité spécifique.
Des espèces végétales entre terre et eau douce, voire salée
Plusieurs types de végétaux poussent à proximité et au fond des étendues d’eau douce. Certaines plantes, comme le cresson de ruisseau, vivent entièrement dans l’eau. Ce sont les hydrophytes.
Les hélophytes, comme les roseaux, sont semi-aquatiques, leurs feuilles sont en partie émergées. Ces espèces se développent dans le lit du cours d'eau ou sur les berges. Sur les bords de l’eau, on trouve la ripisylve, généralement représentée par des arbres ou arbustes.
En outre-mer, les mangroves, forêts tropicales constituées de palétuviers, sont des arbres capables de se développer sur un sol constamment gorgé d’eau et salé, grâce à leurs racines aériennes.
Espèces animales, bactéries & champignons…
Les milieux aquatiques abritent une grande variété d’espèces et micro-organismes. Certains poissons, comme le brochet, y passent toute leur vie. D’autres, dits migrateurs amphihalins, partagent leur cycle entre eau douce et mer : le saumon, par exemple, se reproduit dans les rivières avant de grandir en mer (anadrome), tandis que l’anguille suit le chemin inverse (catadrome).
De nombreux invertébrés peuplent ces écosystèmes, tels que sangsues et écrevisses. On y rencontre aussi des reptiles, comme la couleuvre à collier. Les mammifères comme les castors et les loutres d’Europe fréquentent les cours d’eau, tandis que les phoques sont visibles jusque dans l’estuaire de la Somme.
Les oiseaux trouvent dans ces milieux des zones idéales pour nicher ou hiverner. Le flamant rose, par exemple, ne se reproduit en France que dans le delta du Rhône.
À plus petite échelle, bactéries, champignons, diatomées (micro-algues) et autres organismes microscopiques jouent un rôle fondamental. Planctoniques lorsqu’ils flottent, benthiques lorsqu’ils se fixent, ils constituent le socle de la chaîne alimentaire et servent aussi d’indicateurs précieux de la qualité écologique des cours d’eau. Les insectes, dont de nombreuses larves se développent dans l’eau, participent, eux aussi, à cette richesse et fournissent des informations sur l’état des milieux.
Enfin, les amphibiens — grenouilles, crapauds, tritons — dépendent étroitement de ces habitats, où ils se reproduisent et assurent la continuité de leur cycle de vie.
Les principales menaces pour la biodiversité aquatique
Si les milieux aquatiques regorgent de vie, leur équilibre reste fragile. Pressions humaines, réchauffement climatique ou encore obstacles physiques perturbent leur fonctionnement et menacent directement la biodiversité qu’ils abritent. Ces menaces s’additionnent tout au long du cours d’eau, de la source jusqu’à l’estuaire.
Les pollutions d’origine humaine représentent une menace majeure pour les milieux aquatiques. Plastiques, métaux lourds, pesticides, hydrocarbures ou encore molécules chimiques perturbent la qualité de l’eau et fragilisent les organismes qui y vivent. Ces substances peuvent intoxiquer directement la faune et la flore, mais aussi s’accumuler dans la chaîne alimentaire, avec des effets durables sur l’écosystème.
Avec le changement climatique, les eaux se réchauffent, s’acidifient et perdent de leur oxygène. Ces modifications entraînent de profonds déséquilibres : apparition et prolifération d’espèces exotiques envahissantes qui supplantent la biodiversité locale, dégradation ou disparition des habitats naturels, modification des périodes de reproduction et de migration de nombreuses espèces.
L’urbanisation croissante contribue également à la dégradation des milieux aquatiques. L’artificialisation des sols, la destruction des zones humides ou encore l’imperméabilisation des surfaces réduisent la capacité des écosystèmes à réguler naturellement l’eau. À cela s’ajoutent les pollutions diffuses issues des rejets urbains (eaux usées, ruissellements pollués), qui fragilisent encore davantage ces milieux.
L’eutrophisation résulte d’un excès de nutriments (notamment azote et phosphore) provenant essentiellement de l’agriculture et des eaux usées. Ces apports massifs favorisent la prolifération d’algues dont la décomposition consomme de grandes quantités de dioxygène, provoquant l’appauvrissement puis l’asphyxie de l’écosystème aquatique.
La surexploitation des milieux aquatiques se traduit par une pression excessive sur leurs ressources. La surpêche, la capture d’espèces menacées ou encore le prélèvement massif d’eau pour l’agriculture, l’industrie ou la consommation humaine réduisent la disponibilité des habitats et affaiblissent les populations. Ces pratiques compromettent la résilience des écosystèmes et leur capacité à se régénérer.
Les activités humaines entraînent aussi une fragmentation des habitats aquatiques. Destruction des zones de reproduction, dérangement lié au bruit et à la lumière, artificialisation des berges ou modification des fonds perturbent la faune et la flore. La perte de continuité écologique réduit les échanges entre populations et limite l’accès aux ressources vitales.
La construction d’infrastructures comme les ponts, digues ou barrages constitue un obstacle majeur pour la biodiversité. Ces aménagements bloquent la libre circulation des espèces aquatiques et les empêchent d’accéder aux zones indispensables à leur reproduction, leur croissance, leur alimentation ou leur abri. Le transport naturel des sédiments, essentiel à la santé des cours d’eau, est, lui aussi, interrompu..
L’importance du petit cycle de l’eau et de sa bonne gestion
L’humanité puise une part importante de l’eau douce dans les milieux naturels et a la responsabilité de la restituer dans le meilleur état possible. Au-delà du cycle naturel de l’eau, un circuit artificiel a été mis en place pour répondre aux besoins humains : il s’agit du « petit cycle de l’eau ». Ce cycle regroupe la production d’eau potable, depuis le captage dans les rivières ou les nappes souterraines, jusqu’au traitement des eaux usées avant leur rejet dans le milieu naturel. L’Office français de la biodiversité intervient tout au long de ce parcours.
43,4 %
des cours d'eau sont en bon ou très bon état écologique (2018)
Observatoire national de la biodiversité
4,16
km, c’est la distance moyenne séparant deux ouvrages faisant obstacle à l’écoulement de l’eau dans les cours d’eau de l'hexagone en 2023.
Observatoire national de la biodiversité
34,2 %
des plans d'eau sont en bon ou très bon état écologique (2018)
Observatoire national de la biodiversité
Particulièrement menacées, dégradées ou en régression, 87% des zones humides ont disparudepuis le XVIIIe siècle et la moitié entre 1960 et 1990.
En France hexagonale, ces territoires vulnérables accueillent 30 % des espèces rares ou menacées, la totalité des amphibiens, la moitié des oiseaux ou encore le tiers des espèces végétales remarquables selon l'Observatoire national de la biodiversité.
En chiffres
41 %
des sites emblématiques présentent des milieux humides qui se dégradent (période 2010-2020)
Observatoire national de la biodiversité
6 %
des écosystèmes humides remarquables sont dans un état de conservation favorable (sur la période 2013-2018), pour 91% en état défavorable
Observatoire national de la biodiversité
80 %
des sites ont connu des régressions sur au moins un de leurs milieux humides entre 2010 et 2020
Observatoire national de la biodiversité
Eau France, le site public de référence
Eaufrance est le portail national du service public de l’information sur l’eau et les milieux aquatiques en France. Il permet d’accéder facilement à des données, publications et chiffres-clés sur l’eau, les usages, les risques et la biodiversité aquatique. Le site propose aussi des visualisations de données et des informations thématiques accessibles à tous. Eaufrance fait partie du Système d’Information sur l’Eau (SI Eau), piloté par l’Office français de la biodiversité.
Protection & gestion des milieux aquatiques au niveau mondial
Les sites Ramsar sont des zones humides d’importance internationale, identifiées selon des critères précis, tels que la présence d’espèces vulnérables, de poissons ou d’oiseaux d’eau. La France compte, en 2021, 52 sites désignés au titre de la convention de Ramsar, un traité international adopté en 1971. Ce dernier engage les États signataires à protéger ces zones humides, notamment face aux aménagements et exploitations, et à inscrire celles jugées prioritaires sur la « liste Ramsar ». La convention vise non seulement leur préservation, mais aussi leur gestion, surveillance, recherche et formation.
Adoptée en octobre 2000, la directive cadre sur l’eau (DCE) est le texte majeur de la politique de l’eau dans l’Union européenne. Elle engage chaque État membre dans un objectif de protection et de reconquête de la qualité des eaux et des milieux aquatiques. Elle vise notamment la non-détérioration des ressources en eau et des milieux, la réduction ou la suppression des rejets de substances dangereuses, et le respect des objectifs des zones protégées.
La DCE fixe des obligations de résultats (en fixant des objectifs environnementaux), de méthodes (approche intégrée, prise en compte de considérations socio-économiques et environnementales, participation du public) et de calendrier.
L’OFB, engagé pour protéger la biodiversité aquatique
Les cours d’eau, plans d’eau et zones humides abritent de nombreuses espèces et répondent à leurs besoins essentiels. Ces milieux fournissent également des services vitaux aux humains, comme l’approvisionnement en eau potable ou la régulation des crues. C’est dans ce contexte que l’Office français de la biodiversité (OFB) agit pour préserver ces milieux et les espèces qui en dépendent.
L’OFB œuvre activement pour préserver ces milieux et les espèces qui y vivent, ou en dépendent. Il apporte son appui à l’ensemble des gestionnaires d’espaces naturels à travers, entre autres, le centre de ressources Cours d’eau et le centre de ressources Milieux humides, qui visent à promouvoir les bonnes pratiques en matière de restauration.
Les agents de l'OFB participent également à l’acquisition de connaissances (suivi d’espèces patrimoniales dont les poissons migrateurs, suivi des espèces exotiques envahissantes, etc.), à la mise en œuvre de programmes de recherche et de surveillance (révisions taxonomiques, développement sur les passes à poissons, développement de l’ADN environnemental, etc.), ainsi qu'à la gestion et l’évaluation de l’état du milieu aquatique, des espèces aquatiques et des pressions qu’ils subissent.
L’OFB assure notamment une surveillance du peuplement des poissons des cours d’eau et des plans d’eau dans le cadre de la directive cadre sur l’eau. Cette surveillance s’appuie sur un réseau de plus de 1500 stations pérennes réparties sur l’ensemble du territoire métropolitain.
Depuis le 1er janvier 2023, les activités des 13 laboratoires d’hydrobiologie (un par région administrative) ont été transférées à l’OFB. Parmi leurs missions figure notamment l’évaluation de l’état écologique des eaux, en application de la Directive Cadre Européenne sur l’eau (DCE).
Sur le terrain, les inspecteurs de l’environnement de l’OFB veillent également au respect de la législation. Les unités spécialisées migrateurs mènent tout particulièrement des opérations de contrôle contre le braconnage et les circuits illicites de commercialisation des poissons migrateurs tels que les civelles.
Enfin, l’établissement contribue à la définition et à la mise en œuvre des politiques publiques, notamment les directives européennes, mais aussi les lois et stratégies nationales, comme le plan national d’action Apron du Rhône.
