Composé de nombreux milieux naturels et de paysages diversifiés, le territoire de la CALN a de multiples facettes : bocage augeron, marais de la Dives, coteaux calcicoles, zones forestières, prairies de pâturage, vergers anciens, réseau de mares, etc. Le bocage est globalement très bien représenté sur le territoire de la CALN (environ 57%). Les zonages du patrimoine naturel révèlent par ailleurs la présence de nombreux milieux ouverts calcicoles, classés en ZNIEFF de type I, parmi lesquels : les côteaux calcaires au nord d’Orbec (Côteaux calcaires de la Cœurie, du Val, de Tordouet et des Côtes Lamy), les affleurements calcaires au Bois d’Orbiquet, les Côteaux calcaires de Vaucanu, du Glatinet et des MoutiersHubert, les Pelouses calcaires des Douets… Le réseau de mare est très dense sur le territoire de la communauté d'agglomération. En prenant en compte une distance d’environ 500 m autour de chacune d’entre elles, correspondant à la capacité de déplacement de nombreuses espèces d’amphibiens, on s'aperçoit que les mares sont presque toutes interconnectées.
