Alzonne est un territoire rural situé à la confluence de 3 cours d'eau et à la croisée des influences climatiques méditerranéennes et océaniques.
Le nord de la commune constitue le piémont de la Montagne Noire tandis que le Sud est une plaine fertile à dominante agricole qui marque le début du Lauragais et des grandes cultures. C'est aussi un territoire riche en biodiversité du fait des diverses influences climatiques.