La direction régionale Bourgogne-Franche-Comté de l'OFB met en œuvre à l’échelon territorial les 5 grandes missions de l’établissement :

• la connaissance, la recherche et l’expertise sur les espèces, les milieux et leurs usages ;
• la police de l’environnement et la police sanitaire de la faune sauvage ;
• l’appui à la mise en œuvre des politiques publiques ;
• la gestion et l’appui aux gestionnaires d’espaces naturels ;
• l’appui aux acteurs et la mobilisation de la société.