Suite aux directives européennes instaurant des obligations, les pollutions organiques (nutriments et charges organiques) ont été les premières à baisser significativement, conservant encore des marges de progrès importantes pour optimiser les technologies d'assainissement. La prise en compte des déversement, transfert et abattement des micropolluants dans les réseaux d'eaux usées et pluviales se développe progressivement dans les collectivités.
Des obligations réglementaires
La directive Eaux résiduaires urbaines 1991/271/CE (DERU) et la directive cadre sur l’eau 2000/60/CE (DCE) encadrent les obligations des états membres en matière d'objectifs et de performances de réduction des pollutions, dont celles d'origines urbaines.
Des dispositifs et technologies en amélioration continue
Le groupe de travail 
des fiches techniques d’analyse critique des procédés nouveaux :
Il existe aujourd’hui en France plus de 2 000 stations utilisant des Filtres Plantés de Roseaux (FPR) pour le traitement des eaux usées (station généralement de petites collectivités, de capacités inférieures à 2 000 EH). Le Filtre Planté de Roseaux est une technique d’épuration relativement récente basée sur l’optimisation de processus naturels, ce qui est conforme à un principe d’ingénierie écologique 
Les Zones de Rejet Végétalisées (ZRV) sont des espaces aménagés entre la station d’épuration et le milieu récepteur afin de contribuer à la réduction de l’impact des rejets des stations de traitement des eaux usées sur le milieu naturel. Ces espaces ne font pas partie de la station de traitement des eaux usées ; les objectifs de qualité réglementaires restent donc imposés au rejet de la station. Les Zones de Rejet Végétalisées sont des réalisations simples, souvent construites sur un sol en place, utilisant les trois compartiments sol-végétal-eau, chacun de ces trois compartiments pouvant contribuer à réduire la quantité et à améliorer la qualité des eaux traitées rejetées au milieu naturel. Il s’agit de mobiliser des processus naturels des écosystèmes, ce qui est conforme à un principe d’ingénierie écologique 
L’Assainissement Non Collectif (ANC), aussi appelé assainissement autonome ou individuel correspond à tout système d’assainissement effectuant la collecte, le prétraitement, l’épuration, l’infiltration ou le rejet des eaux usées domestiques des immeubles ou maisons d’habitations individuelles non raccordés au réseau public d’assainissement, (soit le cas pour environ 10% de la population française). Les activités relatives à l’assainissement non collectif de l’Onema viennent en appui aux Plans d’Actions Nationaux sur l’Assainissement Non Collectif (PANANC) (
Le Lit de Séchage Planté de Roseaux ou LSPR est une technique de traitement des boues pratiquée en France depuis le début des années 90 qui est, comme la technique de Filtres Plantés de Roseaux pour le traitement des eaux usées, basée sur l’optimisation de processus naturels (principe de l’ingénierie écologique 
Face aux pressions croissantes sur la ressource en eau, les projets de Réutilisation des Eaux Usées Traitées (REUT ou REUSE en anglais) dans le secteur agricole se développent et proposent une alternative aux prélèvements traditionnels dans le milieu en recyclant les eaux usées traitées en sortie de station de traitement des eaux usées. Afin de mieux appréhender ces techniques de réutilisation des eaux usées traitées, Irstea produit depuis 2008 des documents scientifiques et techniques sur ce thème : état de l’art des technologies disponibles en vue d’une réutilisation des eaux usées traitées et un retour d’expériences de pays méditerranéens 
L’efficacité d’une station d’épuration se mesure par la qualité de ses rejets, mais ce traitement est obtenu au prix d’autres impacts environnementaux qui se produisent lors de la construction, de l’exploitation, du fonctionnement et du démantèlement du système d’assainissement dans sa globalité. Les bilans environnementaux et les Analyses du Cycles de Vies (ACV) des systèmes d’assainissement permettent aux décideurs et aux professionnels de l’eau d’obtenir les éléments nécessaires à un choix objectif lors de ces différentes phases.
Limiter l’impact du rejet des eaux urbaines s’inscrit au cœur de la politique publique de préservation des ressources aquatiques, notamment de la directive européenne cadre sur l’eau. La question de la gestion intégrée des eaux pluviales prend ainsi une importance croissante et s’inscrit dans le contexte des réflexions sur la ville durable. Ces dernières portent sur des aspects très variés qui intègrent la gestion à la parcelle ou encore le développement de techniques alternatives à la place du "tout tuyau". En effet, la gestion des eaux pluviales s’opère de plus en plus à la source par la conception et l’aménagement d’ouvrages de gestion de proximité, qui associent généralement une fonction paysagère avec plantation de végétal. Toutes les techniques durables de gestion des eaux pluviales peuvent être vues comme des solutions relevant de l’ingénierie écologique Extraits des ressources
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État des lieux des Spanc, services publics d’assainissement non collectifs
L’assainissement comprend la collecte, le traitement et le rejet dans le milieu naturel des eaux usées. Il est obligatoire et permet de protéger la salubrité publique et l’environnement. En France, 15 à 20 % de la population a recours à l’assainissement non collectif (ANC) pour le traitement de ses eaux usées. Les services publics d’ANC (Spanc), chargés principalement du contrôle des équipements, publient chaque année leurs données sur le site de l'Observatoire national des services publics d'eau et d'assainissement, via l’outil de bancarisation Sispea.
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Observatoire des services publics d’eau et d’assainissement - Panorama des services et de leur performance
L’Observatoire des services publics d’eau et d’assainissement, mis en œuvre par l’Office français de la biodiversité avec l’appui des services de l’État, a publié son rapport 2022. Il dresse un panorama de l’organisation des collectivités organisatrices, de leurs performances et de leurs tarifications. Il a été établi à partir des données de 2020, extraites le 31 janvier 2022 dans la base nationale Sispea.
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Les zones de rejet végétalisées : analyse du fonctionnement et aide à la conception et à l'exploitation
À destination des maîtres d’œuvre, maîtres d’ouvrages et exploitants du milieu de l’assainissement, ce guide présente de façon synthétique le fruit de travaux de recherche sur les zones de rejet végétalisées (ZRV) qui peuvent contribuer, sous certaines conditions, à réduire l’impact de la station de traitement des eaux usées.
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Les zones de rejet végétalisées : repères scientifiques et recommandations pour la mise en œuvre
Cette publication fournit un état des lieux des connaissances sur les principales fonctions (réduction des débits sortants, élimination des polluants...) des zones de rejet végétalisées (ZRV), ainsi que des recommandations de conception et d'entretien, visant à optimiser l'efficacité des futures ZRV.
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Réduction des pertes d'eau des réseaux de distribution d'eau potable. Guide pour l'élaboration du plan d'actions (décret 2012-97 du 27 janvier 2012)
Ce guide est un outil d'aide aux personnes responsables des systèmes d’eau potable, à leurs services et à leurs partenaires, pour établir un plan d’actions de réduction des pertes des réseaux de distribution d’eau potable.
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Gestion patrimoniale des réseaux d’eau potable - Élaboration du descriptif détaillé des ouvrages de transport et de distribution d’eau (Décret 2012-97 du 27 janvier 2012)
Ce guide vise à aider les collectivités en charge des services d'eau potable à élaborer un descriptif détaillé des ouvrages de transport et de distribution d’eau.
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Guide technique sur le mesurage de la turbidité dans les réseaux d'assainissement
Ce guide synthétise l’expérience acquise ces dernières années par des équipes de recherche qui ont mis en œuvre et exploité des mesures de turbidité en réseau d’assainissement, et par des collectivités qui ont intégré ces systèmes de mesure dans leurs pratiques opérationnelles. Destiné aux gestionnaires, il vise à promouvoir et faciliter la mise en place de ces mesures.
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Traitement des eaux usées, des boues et des matières de vidange pour les petites et moyennes collectivités - n°11
Apporter et diffuser des outils opérationnels aux acteurs français de l'assainissement pour répondre aux enjeux réglementaires et de protection des milieux aquatiques, tel était le principal objectif de ce colloque organisé lors du salon Pollutec de 2010. Les priorités en matière de recherche et d'innovations futures en lien avec des besoins opérationnels ont aussi été débattues.
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Gouvernance et régulation des services d’eau et d’assainissement
L'atelier Gouvernance et régulation des services d’eau et d’assainissement était une étape de préfiguration d’un groupe de travail européen dédié à cette thématique.
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Traitement des eaux usées, des boues et des matières de vidanges pour les petites et moyennes collectivités
Les collectivités, les conseils généraux, les services de l’état, mais aussi les maîtres d’œuvre et d’ouvrage sont actuellement confrontés à différents défis techniques et réglementaires en matière d’assainissement. But du colloque : diffuser les principaux résultats opérationnels acquis depuis 3 ans, et échanger sur les projets de recherche et innovation futurs, en lien avec les besoins opérationnels.
