La commune de Bergues se situe à la croisée entre deux entités paysagères historiques : le polder de Flandre maritime et le bocage de Flandre intérieure. Consciente des pressions s'exerçant sur la biodiversité locale (urbanisation, industrialisaton, agriculture intensive) et de leurs conséquences sur la destruction et la fragmentation des habitats naturels, ela commune souhaite s'engager sur plusieurs chantiers dont l'amélioration de la connaissance naturaliste du territoire, la restauration et la renaturation d'espaces favorable à la biodiversité. La politique biodiversité de la commune est implusée par les élus de la commission Transition écologique et citoyenne et portée par les techniciens au sein de plusieurs services. La commune souligne l'importance de l'implication de tous, élus, techniciens, habitants, écoles, associations locales pour atteindre les ambitions qu'elle se fixe en matière de préservation de la biodiversité.