Située dans l’Est de l’Indre-et-Loire, Épeigné-les-Bois s’étale sur les gâtines tourangelles. La commune est coupée en deux par le ruisseau de Chézelles, affluent du Cher. Le relief est
marqué pour le département, avec des altitudes de 120 m pour les plateaux à 136 m au lieu-dit Bellevue, alors que le vallon de Chézelles descend à 77 m et marque un net encaissement de 40 m. Le territoire de la commune est contrasté, se partageant entre boisements (40 % de la surface), souvent sur les points les plus hauts et les moins cultivables, grandes cultures céréalières et parcelles de vignes. Enfin, une partie du territoire communal se situe en fond de vallée de la Chézelle, assez vaste (800 m de large), aux prairies verdoyantes. Le rebord de vallée, au relief abrupt est marqué par la présence forestière et le bourg d'Epeigné, en balcon sur la vallée, à la naissance d'une source manquant un petit ravin en coeur de village.
