La commune est concernée par 3 ZNIEFF, deux de type 1 (Vallée de la Moselle à Thaon-les-Vosges, et Anastomoses de la Moselle à Igney) soit 12.5% de sa superficie et la ZNIEFF de type 2 de la Vallée de la Moselle de Thaon-les-Vosges à Flaviny pour 27.13% de sa superficie totale.
Vaxoncourt fait partie du territoire du SCOT des Vosges centrales qui réalise actuellement un Atlas de la Biodiversité Communale sur l'ensemble de son territoire et de celui du PETR du Pays d'Epinal qui porte un projet de restauration de la Trame Verte et Bleue.
La commune a désimperméabilisé un espace au coeur du village en démolissant un ancien hangar et tout un secteur de la rue de Moselle a été réaménagé de façon à gérer l'eau de pluie à la parcelle par des puits perdus.
La commune n'utilise plus de produits phytosanitaire depuis 2013. Les espaces verts sont gérés de manière différentié et l'ensemble des plantations communales est réalisé avec des plantes pérennes et vivaces ne nécessitant aucun arrosage. Vaxoncourt s'est engagé dès 2012 dans une dynamique de préservation de la trame noire avec extinction de l'éclairage public de 22 h à 5 h.
